ПЦР-диагностика

Области применения ПЦР

• Инфекции, передаваемые половым путём (ИППП)
• Острые кишечные инфекции (ОКИ)
• Вырусы герпеса
• Туберкулёз
• TORCH-инфекции
• Респираторные инфекции
• Исследование биоценозов
• Заболевания, передающиеся иксодовыми клещами
• Дерматофиты

Заболевания, передающиеся половым путём

Заболевания, передающиеся половым путём — это объединённое название нескольких бактериальных, вирусных, паразитарных и грибковых инфекций, которые часто протекают бессимптомно, при этом могут вызывать воспаления, бесплодие, осложнения при беременности и хронические заболевания.

1. Бактериальные ЗППП: гонорея, сифилис, хламидиоз, микоплазмоз.
2. Вирусные ЗППП: вирус простого герпеса (ВПГ), вирус папилломы человека (ВПЧ), вирусные гепатиты, ВИЧ-инфекция.
3. Паразитарные ЗППП: трихомониаз.
4. Грибковые ЗППП: урогенитальные кандидозы или молочница

Острые кишечные инфекции

Острые кишечные инфекции — группа заболеваний, вызываемые различными микроорганизмами, которые поражают желудочно-кишечный тракт.

1. Вирусные вызываются энтеропатогенными вирусами (ротавирус, норовирус, астровирус, аденовирус, энтеровирус)
2. Бактериальные вызываются бактериями (сальмонеллы, шигеллы (дизентерия), кампилобактер, иерсинии, золотистый стафилококк, кишечная палочка)
3. Протозойные вызываются простейшими микроорганизмами (лямблии, дизентерийная амёба)
4. Глистные кишечные инфекции (гельминтозы) вызываются гельминтами
5. Грибковые (кандидоз кишечника) развивается в результате чрезмерного роста грибов рода Candida на слизистой оболочке кишечника

Герпесвирусы

Герпесвирусы — семейство ДНК-содержащих вирусов, насчитывает более 100 видов.

Для человека опасность представляют 8 типов:

• 1 тип: возбудитель простого герпеса
• 2 тип: генитальный герпес
• 3 тип: вирус ветряной оспы и опоясывающего лишая
• 4 тип: вирус Эпштейна-Барр (инфекционный мононуклеоз)
• 5 тип: цитомегаловирус
• 6 тип: провоцирует детскую розеолу
• 7 тип: может вызывать синдром хронической усталости
• 8 тип: лежит в основе рака кожи

Вирусы 6, 7 и 8 типов до конца не изучены.

Отличительная черта всех герпесвирусов: после первичного инфицирования  остаются в организме на всю жизнь, когда у человека хороший иммунитет, они никак себя не проявляют, однако при снижении защитных сил организма активизируются и вызывают различные заболевания.

Туберкулёз

Туберкулёз — инфекционное заболевание, вызываемое микобактериями туберкулёза (палочками Коха).

Микобактерии туберкулеза помимо легких, могут поражать и другие органы и системы организма:

• Органы зрения
• Нервную систему
• Лимфатическую систему
• Костно-хрящевую ткань
• Кожные покровы
• Мочеполовую систему

Для диагностики важно исследовать не только мокроту, но и другие биологические жидкости организма: кровь, мочу, плевральную жидкость, отделяемое конъюктивы, слюну, промывные воды.

TORCH-инфекции

TORCH-инфекции — группа внутриутробных инфекций, которыми плод может заразиться во время беременности или при прохождении родовых путей.

Ранняя диагностика TORCH-инфекций позволяет определить тактику ведения беременности и своевременно начать лечение. Выявление TORCH-инфекций при планировании беременности позволяет свести риск осложнений для ребёнка к минимуму.

Аббревиатура TORCH включает:

Эти инфекции могут вызывать тяжёлые пороки развития плода, выкидыши и осложнения у новорождённых.

ОРВИ

ОРВИ — острые респираторные вирусные инфекции, так обозначают группу острых воспалительных заболеваний дыхательных путей и лёгких, вызванных вирусами. Диагностика ОРВИ включает сбор анамнеза, осмотр пациента, лабораторные анализы.

Наиболее распространённые возбудителей ОРВИ:

• Вирус гриппа А
• Вирус гриппа В
• Вирус H1N1 (свиной грипп )
• Вирусы парагриппа (1, 2, 3, 4 типов)
• Коронавирусы (ОС43, 229E, HKU1, NL63)
• Коронавирус SARS-CoV-2
• Бокавирус
• Энтеровирус
• Аденовирус
• Риновирус
• РСВ (респираторно-синцитиальный вирус)
• Метапневмовирус

Возможны смешанные респираторные вирусные инфекции, при которых организм оказывается заражён одновременно двумя или более вирусами.

Исследования биоценозов

Исследования биоценозов — анализ генетического материала микроорганизмов, населяющий различные органы. Метод ПЦР применяют для анализа биоценоза урогенитального тракта и микробиоты кишечника.

Анализ микрофлоры урогенитального тракта у женщин даёт  полную количественную и качественную оценку всей микрофлоры: нормальной, условно-патогенной и абсолютно патогенной.

Анализ микрофлоры урогенитального тракта мужчин позволяет выявлять наличие патогенных микроорганизмов, а также анализировать состояние нормальной микрофлоры.

Оценка состояния микробиоты толстого кишечника.

Анализ  количественного состава микробиоты толстого кишечника выявляет полезные и патогенные микроорганизмы, определяет их количество и соотношение.

Иксодовые клещи

Для Российской Федерации наибольшее эпидемиологическое значение имеют заболевания, передаваемые иксодовыми клещами:

• вирусный энцефалит
• боррелиозы
• гранулоцитарный анаплазмоз человека
• моноцитарный эрлихиоз человека

Показанием для выполнения исследование является присасывание клеща к телу человека.

Важно: при подозрении на клещевую инфекцию необходимо комплексное лабораторное исследование, включающее анализы на все значимые возбудители. Некоторые иксодовые клещи инфицированы сразу 2 (реже 3) патогенами и могут приводить к развитию у одного человека сочетанной инфекции.

Материалы для исследования: клещ, цельная кровь (если клещ утерян)

Дерматофиты

Дерматофиты — патогенные плесневые грибы, поражающие ногтевые пластины, гладкую кожу, кожные складки, волосистую часть головы, ногтевые пластины.

У человека возбудители дерматофитии — грибы рода: Trichophyton, Microsporum, Epidermophyton

Способы заражения дерматофитами: от другого человека

Вирусные гепатиты

Вирусные гепатиты — группа инфекционно-воспалительных заболеваний печени, возбудителями которых выступают вирусы гепатитов А, В, С, D, E.

Заражение гепатитами А и Е происходит через контакт с инфицированной водой и пищей.

Заражение гепатитами В, С, D — через контакт с кровью больного.

Некоторые симптомы вирусных гепатитов: острые или тупые боли в животе, желтуха, потемнение мочи, повышение температуры тела, потеря аппетита, тошнота и рвота, высыпания на коже, постоянная слабость, повышенная утомляемость

ПЦР-диагностика вирусных гепатитов помогает:

• подтвердить или опровергнуть диагноз;
• оценить количество вирусных частиц в крови ( вирусную нагрузку);
• определить генотип вируса.

Метод ПЦР позволяет выявить фрагменты РНК вируса даже на ранней стадии, когда другие методы его не найдут.

Преимущества ПЦР-диагностики

1. Высокая чувствительность: можно обнаружить даже единичные копии генетического материала возбудителя в образце
2. Специфичность: способность установить уникальный участок ДНК, характерный только для выявляемого вида микроорганизма, что снижает риск ложноположительного результата
3. Скорость: получение результата занимает от нескольких часов до 1-2 дней, то есть определяет раннюю терапию
4. Универсальность: диагностика сразу нескольких инфекций из одного биоматериала
5. Количественное определение: метод ПЦР констатирует наличие инфекции и измеряет её «вирусную» или «бактериальную» нагрузку

Правила подготовки к ПЦР исследованиям

Важно! Материал берется до начала антибиотикотерапии. Если исследование назначается для контроля лечения, то взятие материала на исследование методом ПЦР возможно не ранее, чем через 28 дней после окончания приема антибиотиков

Кровь: выдержать интервал не менее 3 часов после последнего приема пищи. Чистую воду пить перед сдачей крови можно.

Гинекологический мазок: соскоб нельзя брать на фоне применения местных лекарственных средств (свечи, мази, спринцевания) и во время менструации.  Если пациентке назначены кольпоскопия или интравагинальное УЗИ, нужно брать через 2 дня после процедур или до их проведения, половое воздержание не менее 48 часов.

Мазок из уретры: накануне исследования нельзя применять местные лекарственные препараты, исключить половой акт, важно не мочиться в течение 1,5-2 часов до процедуры.

Моча: в случае предположения вирусной инфекции мочевого пузыря, для анализа используется средняя порция утренней мочи. Перед сбором мочи проводится тщательный туалет наружных половых органов без антисептиков. При анализе на выявление ИППП, лучше использовать первую порцию мочи, чтобы в пробу попал смыв клеток уретры. Женщинам не следует проводить забор мочи во время менструации.

Соскоб из ротоглотки: взятие материала проводится натощак или через 2-4 часа после еды, перед взятием материала необходимо прополоскать рот кипяченой водой.

Соскоб из носоглотки: за 3-4 часа до взятия мазков не закапывать капли/спреи и не промывать нос. Взятие мазков оптимально выполнять утром, сразу после ночного сна.

Сперма, секрет предстательной железы: накануне исследования не рекомендуется посещать баню или сауну, употреблять алкоголь и острую пищу, в течение 3 суток воздержаться от семяизвержения. В течение 2-3 часов воздержаться от мочеиспускания.

Соскоб из ушей: не применять ушные капли за 48-72 часа до сдачи анализа. Не промывать ухо перед исследованием — это может снизить концентрацию возбудителей в материале. Избегать механического воздействия — не чистить уши  за день до процедуры, чтобы не травмировать слизистую и не нарушить состав микрофлоры.

Слюна: за 3 часа рекомендуется не принимать пищу, не чистить зубы, не использовать зубную нить, перед сбором слюны рекомендуется тщательно прополоскать полость рта кипяченой водой.

Мокрота: перед сбором рекомендуется почистить зубы, прополоскать рот и горло кипяченой водой, собрать мокроту, отделяемую только при кашле, а не при отхаркивании.

Кал: для исследования необходима порция кала естественной дефекации, запрещается собирать кал из унитаза, использовать дезинфицирующие средства для обработки судна или горшка.

Грудное молоко: тщательно вымыть руки и молочные железы с мылом. Обработать соски и околососковую область ватными тампонами, смоченными спиртовым раствором хлоргексидина 0,5%, сцедить первые 5–10 мл молока в отдельную посуду — эта порция не пригодна для исследования. Последующие 10–15 мл сцедить в стерильный контейнер с крышкой, не касаясь краёв контейнера.